Repositorio - IFBA Campus Seabra Trabalhos de Conclusão de Cursos (TCCs)
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metadata.dc.type: Trabalho de Conclusão de Curso
Título: Ferramentas computacionais para a montagem de genomas bacterianos: um estudo comparativo
metadata.dc.creator: Silva, Gustavo Jorge Novaes
metadata.dc.contributor.advisor1: Oliveira, Matheus Brito de
metadata.dc.contributor.referee1: Almeida, João Paulo Pereira de
metadata.dc.contributor.referee2: Amorim, Mayane Santos
metadata.dc.description.resumo: O surgimento das tecnologias de sequenciamento de próxima geração (NGS) transformou radicalmente as técnicas de identificação das bases nitrogenadas do DNA e potencializou a produção de pesquisas científicas por todo o globo, sobretudo no campo do sequenciamento e análise gênica de bactérias. A etapa posterior ao sequenciamento - a da montagem computacional dos fragmentos de DNA - é um processo complexo e altamente dependente das plataformas em que os organismos foram sequenciados. Essa dependência, vinculada a diversos outros fatores, acabou criando condições favoráveis para uma produção em larga escala de montadores de genomas bacterianos, em que cada um possui configurações e parâmetros distintos de funcionamento. Para mais, a escolha dessa ferramenta é de suma importância para o sucesso da pesquisa em desenvolvimento. Entretanto, a escassez de trabalhos atuais que discutam sobre o desempenho desses softwares torna a escolha de um montador algo difícil de ser realizado. Diante o exposto, este trabalho propõe-se a desenvolver um estudo comparativo com 7 ferramentas comumente utilizadas para a montagem de genomas bacterianos, fornecendo informações relevantes sobre o desempenho, implementação e usabilidade de cada uma delas. Todos os montadores foram testados com as mesmas amostras biológicas, obtidas no repositório Sequence Read Archive (SRA) e oriundas da plataforma de sequenciamento de segunda geração Ion Personal Genome Machine (IonPGM). Em nosso estudo buscamos descrever detalhadamente de que forma os recursos e estratégias de montagem adotadas por cada programa influenciaram em seu desempenho e na qualidade final dos seus resultados. Para isso, utilizamos diferentes métricas e parâmetros de qualidade, resultando em mais de 200 montagens. Em suma, pretendemos com esse trabalho fornecer aos profissionais de bioinformática informações suficientes para guiá-los na escolha da ferramenta adequada aos seus projetos, contribuindo, dessa maneira, para o avanço das técnicas relacionadas à montagem de genomas bacterianos e na elaboração de pesquisas científicas na área.
Resumo: The emergence of next generation sequencing technologies (NGS) has radically transformed the techniques for identifying the nitrogenous bases of DNA and has boosted the production of scientific research across the globe, especially in the field of sequencing and genetic analysis of bacteria. The post-sequencing step - the computational assembly of DNA fragments - is a complex process and highly dependent on the platforms on which the organisms were sequenced. This dependence, linked to several other factors, ended up creating favorable conditions for a large-scale production of assemblers of bacterial genomes, in which each one has different configurations and operating parameters. Furthermore, the choice of this tool is of paramount importance for the success of research in development. However, the scarcity of current works that deal with the performance of these software makes the choice of an assembler something difficult to be done. Given the above, this work proposes to develop a comparative study with 7 tools commonly used for the assembly of bacterial genomes, providing relevant information about the performance, implementation and usability of each one. All assemblers were tested with the same biological samples, obtained from the Sequence Read Archive (SRA) repository and from the second generation sequencing platform Ion Personal Genome Machine (IonPGM). In our study we tried to describe in detail how the assembly resources and strategies adopted by each program influenced its performance and the final quality of its results. For that, we use different metrics and quality parameters, resulting in more than 200 assemblies. In short, with this work we intend to provide bioinformatics professionals with sufficient information to guide them in choosing the appropriate tool for their projects, thus contributing to the advancement of techniques related to the assembly of bacterial genomes and in the development of scientific research in the area.
Palavras-chave: Montagem de genomas; Bactérias; Estudo comparativo; NGS; Bioinformática.
metadata.dc.subject.cnpq: CIENCIAS EXATAS E DA TERRA
metadata.dc.language: por
metadata.dc.publisher.country: Brasil
Editor: Instituto Federal de Educação, Ciência e Tecnologia da Bahia
metadata.dc.publisher.initials: IFBA
metadata.dc.publisher.department: Departamento de Ensino Técnico
metadata.dc.rights: Acesso Aberto
URI: https://repositorio.ifba.edu.br/jspui/handle/123456789/208
Data do documento: 9-Set-2022
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